金弗康利用系统生物学方法协助曙光医院研究中药蝉衣在肾病治疗中的作用机制1028
在用系统生物学分析中药药理的分子机制的同时,也能够发现中药药方的一些不足:一方面,中药是混合小分子制剂,作用靶点比较多,这可能导致一下副作用,另一方面,没有被直接靶向的致病基因也可以引导我们进行中药方的改良。 曙光医院在肾病治疗过程中,就发现了蝉衣这位药在实际疗效上具有明显的作用。 为了搞清楚蝉衣的具体作用,我们尝试使用系统生物学进行机制分析,结果在蛋白层次的匹配上,蝉衣的直接靶标中没有肾病相关的明确致病点;进一步,在功能层次(GO)的匹配上,我们找到了蝉衣作用机制和肾病发病机制间的共性。 由此,我们建立了致病基因关联模型,下图中红色的圆点是致病基因,绿色的点是蝉衣中所含有效分子的潜在作用靶点。调控网络说明蝉衣的间接作用机制主要体现在对外(viral process, response to hypoxia, fatty acid homostatis),以及由此激活的免疫应激反应(innate immmue response, lymphocyte proliferation, B cell proliferation)这几个方面。 进一步,对网络进行简化,聚焦在炎症反应和免疫调节两个方面,我们发现,蝉衣的作用靶标中,TLR2这个细胞表面的膜蛋白出现在了网络核心位置,一方面它可以捕获外源小分子的能力,另一方面,可以通过TNF,NOS2,JUN,SYK激活免疫应答。 这个案例说明系统生物学是从网络层面看作用机制的,我们既可以从单点(基因,蛋白),也可以从网络(通路,生物过程)层面分析关联,这有助于我们更全面具体的了解事物的本质。 对文章有疑问或者对生物信息分析数据感兴趣都可以通过下面的微信联系我们。 金弗康科研团队专注于生物信息分析,科研外包服务,自主研发的omicsbean 生物云平台上线近两年时间,已经有30多家高校和研究所使用该软件平台发表SCI文章,总影响因子达到124.147,其中最高影响因子26.9,包括多篇发表在Nature,Science等杂志的文章。 金弗康生物科技致力于大数据产业自动化和智能化解决方案,是上海市科创板挂牌企业(300151),高新技术企业以及大数据专项建设承担企业,依托自主研发的基因检测工业化系统,整合上下游优质基因检测和健康干预管理产品,成为国内基因检测和精准医疗配套服务商。公司专利储备56个,其中发明专利42个,软件著作权专利14个。具有自主知识产权的智能化基因检测系统目前覆盖病理检测,医学普检,癌症和遗传病检测已深入多家三甲医院和医学检验机构,用以实现检测数据精准解读从而提高医疗服务品质。 公司未来将致力于大数据技术在遗传病检测方向的应用,涉及检测试剂盒,癌症早筛(ctDNA检测)的精准检测,临检、病理、特检相结合的区域一体化检测中心实现云端化数据传输,靶向中医药用于临床癌症治疗等方面。 我们承接各组学、临床数据的单独、整合分析;疾病模型预测;蛋白结构预测及功能模拟;纯数据库信息挖掘等生物信息分析服务。提供各类测序;验证实验等科研外包的服务。欢迎有兴趣的小伙伴,免费注册体验omicsbeans一站式的生物信息分析系统。详细情况,欢迎添加微信号询问,或者在文章下面留言,谢谢关注!自主或定制生物信息分析找金弗康;做各类测序,验证实验找金弗康;因为我们是专业的!
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