提供专业的生物信息产品与服务
严于治学,精于服务!
上海市科创板挂牌企业(股份代码:300151)
新闻详情

解读生信文章中的热图

浏览数:733

   OmicsBean生信绘图学堂的热图入门篇《原来Nature文章都这样画热图》讲解了绘制热图的基本操作,高级篇《热图绘制高级教程》讲解了绘制各种不同样式热图的方法,接下来我们对出现在生信文章中的热图进行解读,总结出热图在生信文章中常用的表述模式。


文章一(蛋白组学,医学方向)


文章标题:Capturingthe interactome of newly transcribed RNA


原    文    链    接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29431736/


文章热图:见图1.


实验设计:共三个组:RICK,Oligo(dt)EU+,Oligo(dt)EU-,每个组代表不同的实验方法,每个组三次生物学重复。


热图解读:文章中的热图使用不同样本的蛋白表达相关性数据进行绘制。从横向和纵向观察热图,都可以看到聚类树将RICK组和其他组分别聚集在不同的分支上。每个小方块的颜色代表相关性的强弱,结合色条带可以看到RICK组和其他组都表现出组内相关性较强,组间相关性较弱,符合实验设计同时体现了RICK方法的实验可靠性,契合文章的研究主题。


热图描述:Hierarchical clustering of the ion intensities of three different LC-MS/MS experiments ( n = 3 biologically independent experiments for both RICK and oligo(dT) capture (with or without EU)), colors in the heatmap indicate the pairwise Pearson correlation between the different data sets ( n = 1,169).


图1 文章1中的热图


文章二(转录组,医学方向):


文章标题:Analysisof potential genes associated with primary cilia in bladder cancer


文    章    链    接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6124455/


文章热图:见图2


实验设计:共两个组,癌症组和癌旁组,癌症组9个样本,癌旁组3个样本。


热图解读:文章将早期膀胱癌病人的癌组织和癌旁组织RNA-seq数据进行了差异筛选,通过功能富集分析找到7个重要的标记物。热图展示了这7个基因的表达情况,从图中的不同颜色带的强弱可以看到TUBB,AURKA,CENPF,STIL这四个基因在膀胱癌组织中是高表达的,而RAB23,OSR1,STK39是低表达的,这个结果和文章后续的功能分析相呼应。


热图描述:Threehundred and thirty-six upregulated genes and 453 downregulated genes wereidentified in BLCA. The intersection of the DEGs and ciliary genes calculated byVenn diagrams and seven Degs shown by heatmap


图2 文章2中的热图


小编上面讲解的热图是如何绘制的呢,想获得更多绘图技能的小伙伴可以加我微信,邀请您加入omicsbean数据分析绘图交流群,我们在那等您。