解读生信文章中的热图

文章一（蛋白组学，医学方向）

文章标题：Capturingthe interactome of newly transcribed RNA

原    文    链    接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29431736/

文章热图：见图1.

实验设计：共三个组：RICK,Oligo(dt)EU+,Oligo(dt)EU-,每个组代表不同的实验方法，每个组三次生物学重复。

热图解读：文章中的热图使用不同样本的蛋白表达相关性数据进行绘制。从横向和纵向观察热图，都可以看到聚类树将RICK组和其他组分别聚集在不同的分支上。每个小方块的颜色代表相关性的强弱，结合色条带可以看到RICK组和其他组都表现出组内相关性较强，组间相关性较弱，符合实验设计同时体现了RICK方法的实验可靠性，契合文章的研究主题。

热图描述：Hierarchical clustering of the ion intensities of three different LC-MS/MS experiments ( n = 3 biologically independent experiments for both RICK and oligo(dT) capture (with or without EU)), colors in the heatmap indicate the pairwise Pearson correlation between the different data sets ( n = 1,169).

图1 文章1中的热图

文章二（转录组，医学方向）:

文章标题：Analysisof potential genes associated with primary cilia in bladder cancer

文    章    链    接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6124455/

文章热图：见图2

实验设计：共两个组，癌症组和癌旁组，癌症组9个样本，癌旁组3个样本。

热图解读：文章将早期膀胱癌病人的癌组织和癌旁组织RNA-seq数据进行了差异筛选，通过功能富集分析找到7个重要的标记物。热图展示了这7个基因的表达情况，从图中的不同颜色带的强弱可以看到TUBB，AURKA,CENPF，STIL这四个基因在膀胱癌组织中是高表达的，而RAB23,OSR1,STK39是低表达的，这个结果和文章后续的功能分析相呼应。

热图描述：Threehundred and thirty-six upregulated genes and 453 downregulated genes wereidentified in BLCA. The intersection of the DEGs and ciliary genes calculated byVenn diagrams and seven Degs shown by heatmap

图2 文章2中的热图

小编上面讲解的热图是如何绘制的呢，想获得更多绘图技能的小伙伴可以加我微信，邀请您加入omicsbean数据分析绘图交流群，我们在那等您。